王渔洋在其主管杨州府刑狱大权的五年中，恪尽职守，秉公断案，深受民众拥戴。
       顺治十六年五月，反清大帅郑成功自江南北伐，连克数地到江宁一带，大江南北士民纷纷参与，大有不获全胜不收兵之气概。八月，形势巨变，清军获胜。
       江宁之战后，顺治帝便把一腔仇恨发泄于支持郑成功的地方官吏和平民百姓身上，大开杀戒，当时被捕入狱及杀头者众多，一时冤案四起，株连甚广。这就是历史上有名的“通海寇案”。为救民众于腥风血雨之中，一时好多人写信给王渔洋，请求他为无辜者平反冤假错案。
       王渔洋经过认真审理分析，发现其中被牵连受害者很多，遂决心为民请命，给予平反昭雪。但是当时，朝臣不支持，总督不配合，王渔洋为民伸冤的方案陷于孤立无援之境地。但他不气馁，继续审理、取证、甄别、核实，将冤案全部汇集成册，加上审办意见，准备直送朝廷，并将其中非常明确的冤屈人先行释放。
       一天，王渔洋正在紧张办案，突听役使来报：前天王大人所放的人又被“通海寇案”的权威人物户部侍郎叶成格关押。王渔洋听罢气愤至极。他一面将整理守备的宽赦人名录交差役向江宁署衙送交，一面将重入狱者召至大堂，说：“你们己被无罪释放，今又重遭拘押，实为不该。我定将冤案之事办到底，不惜丢弃乌纱。咱们这就一块去见叶侍郎!”说罢，王渔洋抓起大印，摘下帽子，把官印、官帽交给文书官：“此行祸福难测，一旦不成，这些就与我无缘了!”王渔洋冒着丢官和性命的危险，率民众向清廷有关官员据理力争，使大多冤案得到了平反，使很多无辜的黎民得到了拯救，其果敢的行为和正义的品德受到朝野赞誉，广传于世。